Pliez une chaîne de résidus sur une grille afin que les unités hydrophobes se rassemblent dans un noyau enterré – et réduisez l’énergie à son minimum prouvé.
Une protéine est modélisée comme une chaîne de résidus hydrophobes (H) et polaires (P) sur un réseau 2D. Les voisins hydrophobes qui sont adjacents sans être liés réduisent l’énergie. Votre objectif est de plier la chaîne pour que les résidus H forment un noyau compact et que vous atteigniez l'énergie optimale.
Helixfold est construit sur le modèle classique de réseau hydrophobe-polaire de repliement des protéines, transformant la recherche d'un pli en un casse-tête.
Une chaîne de résidus hydrophobes et polaires sur un réseau, où les contacts H-H non liés abaissent l'énergie, c'est le modèle HP du repliement des protéines.
Noter directement l'énergie, plutôt que la ressemblance avec une forme connue, est l'approche originale.
L'énergie est le bon objectif, car c'est ce que minimise la nature. L'effet hydrophobe pousse les résidus apolaires vers l'intérieur, et un modèle ne contenant guère que cela reproduit encore le cœur compact des vraies protéines — c'est pourquoi le modèle HP survit comme outil d'enseignement et de recherche.
Helixfold est construit sur le modèle classique de réseau hydrophobe-polaire de repliement des protéines, transformant la recherche d'une conformation à énergie minimale en un puzzle tactile. Il s'agit d'un jeu par navigateur original et gratuit avec trois longueurs de chaîne et des modes d'entraînement quotidiens et quotidiens.